代谢组学技术在中药研究中的应用主要体现在以下几个方面：
1. 中药成分分析与质量控制
营养组成基本成分表监定：基础产生组学的科技水平也能对中要中的药剂学营养组成基本成分表采取多方面探讨，监定出中药才中的可溶性营养组成基本成分表。随后，充分利用根据质谱（MS）的基础产生组学的科技水平，都可监定出人叁中的人叁皂苷等可溶性营养组成基本成分表。此类的科技水平还都可分清中药才和非中药才一些的药剂学标记图片物，为中要的质量水平掌握具备基本原则。
线产品掌握：借助基础产生组学系统，能能对西药材的线产品去评价和掌握。列如 ，运用蕨类蕨类植物基础产生组学研究分析，能能设计规划而对类类风湿性关节软骨炎的西药材有效营养材料的线产品箭头的降钙素原检测做法。显然，基础产生组学还能能辨别的西药材中的毒副作用有效营养材料简答毒副作用机能，如借助UPLC-Q-TOF-MS研究分析，差别区别乌头蕨类蕨类植物的检查是否有效营养材料，并辨别的有镇疼活性氧和发生急性毒副作用的动物碱。
2. 中药药效机制研究
效应靶点自动识别系统：代谢率组学系统不错帮住自动识别系统中草药催化活性材料的分子式靶点。譬如，实验发现了雷公藤红素可顺利通过调试Treg/TH1和Treg/Th17和平、传导NF-κB通道等制度化充分发挥抗感染效应。
功用机理诠释：产生组学水平可能证明中成药治疗方法患病的功用机理。随后，实验发现了青蒿素抗药性与疟原虫的线粒体产生改进关联联，非靶向疗法产生组学证明了与该时关联的产生物发生改变。凡此种种，产生组学还就可以凭借了解产生物的发生改变，实验中成药复方的功用机理。
3. 中药安全性评价
致毒机理调查：分解转化组学的技术可不可以中用调查中成药的致毒机理。这类，可以通过分解转化组学和16S rDNA测序的推进进行分析，蕴含了清益汤对病情比较重的时候急慢性胰腺炎相关急慢性肺拉伤的保障机理，并制定了铁镇定自若、差别的分解转化物和微怪物菌群之中的相关。
稳定防护性评定：代谢率组学方法还可能用以中药配方才的稳定防护性评定，认别暗藏的致癌性化学物质和致癌性靶点，因而为中药配方才的稳定防护在使用打造科学的措施。
4. 中医证候研究
证候有关的消化吸收物科学研究：消化吸收组学方法会用做定性分析与中医针灸药学证候有关的的内源性消化吸收物不同，引导中医针灸药学证候的诊断仪和介入。比如说，经过消化吸收组学科学研究，已在冠心脏病求美者中鉴定费出与痰瘀证随和阴两虚证有关的的海洋生物符号物。
证候应对论述：排泄组学技巧还也可以采用论述中西药对中醫证候的应对体验。随后，实现排泄组学技巧及聚类研究分析研究分析法，找到“黄芪-茯苓-泽泻”等连接中成药标配适采用肾病标准化征的新组方中成药，就可以对很多肾病标准化征有关系的微生物标志图片物诞生危害。
5. 多组学技术整合应用
多个学转型：分解代谢组学与其他组学新技术（如基因遗传组学、转录组学、血清质组学等）的转型使用，为中医分折给予半个个多因素的分折整体布局完成后。一种转型使用不只加重了人们对中医部分在氧分子方向上对机体生活和方面的问题睡眠状态的影向，况且为折射出中医的功效规则和疗效化合物基本条件给予了强强劲有力的平台。
皮肤肠道疾病控制体制：两组学技术设备能用在钻研中要控制皮肤肠道疾病的碳原子体制。诸如，使用血清质组学和基础排泄组学的联动操作，蕴含了与中国传统医学分类管理的膝软骨骨性软骨炎相互之间有关系的文化差异传达血清和基础排泄通道。
分解组学能力在中草药理论研究中的用，为中草药的当代化和精准扶贫社区医疗提供了了为重要的科学技术适用，促进企业确保中草药的条件化和亚太化进展。